Mae gan Fwrdd S4C bum pwyllgor sy'n goruchwylio gwahanol agweddau o waith S4C. Mae ganddo hefyd fwrdd cyfarwyddwyr ar gyfer cwmnïau masnachol S4C.
Mae'r pwyllgorau'n adrodd yn ôl yn rheolaidd i'r Bwrdd, gyda'r Bwrdd yn cymeradwyo argymhellion y pwyllgorau.
Mae gan Gadeirydd y Bwrdd yr hawl i fynd i gyfarfodydd y pwyllgorau fel sylwebydd.
Mae'r Pwyllgor Cynnwys yn gyfrifol am oruchwylio strategaeth a pherfformiad cynnwys a gwasanaethau S4C, er mwyn sicrhau eu bod yn diwallu anghenion y gynulleidfa.
Mae'r Pwyllgor Archwilio a Risg yn cefnogi'r Bwrdd a'r Prif Weithredwr (fel Swyddog Cyfrifo S4C) mewn perthynas â threfniadau rheolaeth fewnol a sicrwydd y sefydliad. Mae'n atebol i'r Bwrdd.
Mae gan y Panel Cwynion swyddogaeth yn unol â Phroses Gwynion S4C i ystyried cwynion yn ymwneud â materion cydymffurfiaeth neu reoleiddio mewn perthynas â chynnwys S4C, neu gwynion yn ymwneud â materion eraill pan fydd y cwynwyr am gyflwyno apêl yn erbyn penderfyniad y Prif Weithredwr.
Mae'r Pwyllgor Cyfathrebu yn gyfrifol am oruchwylio strategaeth a pherfformiad gweithgareddau cyfathrebu a marchnata corfforaethol S4C ar ran y Bwrdd Unedol.
Mae'r Pwyllgor Pobl a Thaliadau yn gyfrifol am oruchwylio trefniadau cyflogaeth S4C a monitro eu heffeithiolrwydd. Mae hefyd yn cynghori'r Bwrdd ar uwch-benodiadau ac, ar ran y Bwrdd, yn monitro perfformiad uwch-reolwyr ac yn cymeradwyo eu cyflogau.